Devrin teknik gelişmelerine uygun nitelikte makine subayı yetiştirmek için 1890 yılında başlatılan çalışmalar sonucunda batı anlamında ilk eğitim 1908 meşrutiyetini ilanıyla Heybeliada'da Maria Manastırı 'nda açılan çark mektebi ile başlamıştır. Ancak; Mondros Mütarekesi sonucunda binanın Rum Eytamhanesi olması ile çarkçı mektebi mensupları Heybeliada'daki bahriye mektebine dahil edilmiştir

 30 Aralık 1916 tarihinden itibaren Makine Gedikli ve daha sonra Makine Deniz Okulu adını alan komutanlık 1941-1963 yılları arasında sırasıyla
 Deniz Fen Tatbikat Okulu Komutanlığı,
 1947 yılında Rum Eytamhanesi'nin Deniz Kuvvetleri Komutanlığına devredilmesini müteakip, Kurslar ve Okullar Komutanlığı,
 1949 yılında yeni teşkilatlanan Deniz Eğitim Komutanlığı bünyesinde kurulan Kurslar Komutanlığı olarak görevini yerine getirmiştir.

Daha Sonraki yıllarda
 1952 yılında Makine Elektrik/Elektronik Sınıf Okul Komutanlığı,
 1953 yılında Deniz Makine Sınıf Okulu Komutanlığı,
 1956 yılında Subay Temel Sınıf Okulu Komutanlığı,
 1963 yılında Deniz Makine Okulu Komutanlığı adını alan okul 1963 yılına kadar Heybeliada'da eğitimlere devam etmiştir.

14 Ağustos 1963 tarihinde Derince'ye taşınan ve Derince Eğitim Merkezi Komutanlığı adını alan komutanlık; 15 Eylül 1970 tarihinde Makine Sınıf Okulu Komutanlığı, 1986 yılında tekrar Derince Eğitim Merkezi Komutanlığı olarak teşkilatlanmıştır.

 17 Ağustos 1999 Gölcük depreminde binalarının hasar görmesi nedeniyle Karamürsel'e taşınan ve 06 Eylül 1999 tarihinden itibaren Karamürselbey Eğitim Merkezi Komutanlığı bünyesinde Makine Sınıf Okulu Komutanlığı olarak eğitim faaliyetlerine devam eden komutanlık; 21 Aralık 2000 tarihinden itibaren Derince Eğitim Merkezi Komutanlığı olarak Derince'de kurulmuştur.